در جامعه ای که سیاست، ماهیت اش را از دست داده و سیاستزدگی بر آن حکم می راند، سیاست می تواند عامل مهم عقب ماندگی علمی در دانشگاه های آن باشد. وضعیتی که در چهار پنج دهه اخیر در دانشگاه های افغانستان حاکم بوده، می توان از آن به عنوان عامل اصلی سیاستزدگی حکومت ها و جامعه نام برد.
بحث جدا سازی سیاست از دانشگاه های افغانستان در بعد از فرایند بن مطرح بوده است. اما تأکید صریح رییس جمهور بر این نکته در اجتماع استادان و دانشجویان و دانشگاه های کابل در اوایل ماه جوزای سال ۱۳۸۶ خورشیدی، می تواند مهم و قابل تأمل باشد.
رییس جمهور شاید بیش از هر کسی دیگری این ضرورت را درک کرده باشد که دانشگاه آزمایشگاه سیاست نیست. یا دانشگاه نمی تواند محلی برای تمرین های سیاسی باشد. هیچ ضرورتی وجود ندارد که تمام دانشجویان وارد سیاست شوند. سیاست می تواند به عنوان یک رشته تحصیلی دانشگاهی مطرح بوده و تدریس شود. همچنین سیاست می تواند به عنوان یک علم در دانشگاه ها مطرح باشد. اما این به هیچ وجه به معنی آن نیست که کامل دانشگاه ها زیر سیطره این علم باشد.
مخالفان نظریه رییس جمهور بر این نکته تأکید دارند که پرداختن به سیاست، حق هر دانشجویی است و هیچ کسی نمی تواند او را از این حق محروم نماید. اگر این نظریه را ملاک یک اصل درست قرار دهیم، در آن صورت باید دانشگاه تنها محل تدریس علم سیاست باشد و تمام دانشجویان، خواسته و ناخواسته مکلف به فراگیری علم سیاست باشند.
نظریه رییس جمهور این است که در شرایط کنونی، داشتن آرای سیاسی در دانشگاه ها قدغن است.
در حالی که استدلال مخالفان نظریه رییس جمهور با واقعیت های امروز جامعه افغانستان هیچ همخوانیی ندارد. نظریه رییس جمهور در جوامع پیشرفته صنعتی، زیاد نمی تواند منطقی به نظر برسد. اما در کشوری با وضعیت افغانستان که میراثدار سه دهه جنگ و بحران سیاسی ـ اجتماعی می باشد، بیش از هر چیز دیگری به تقویت زیر بناهای علمی نیاز دارد تا حداقل واپسماندگی علمی سه دهه را جبران کرده باشد. از این رو دانشگاه های کشور باید برای اجرای این هدف ملی، بستر امنی برای رشد و تقویت مباحث تئوری و راهکارهای عملی علمی در رشته های مختلف آن باشد.
از سویی نیز مشکل امروز افغانستان عدم پرداختن به سیاست نیست، بلکه اشباع جامعه از سیاستزدگی و برخورد سیاسی با فرهنگ و هنر و اقتصاد از سوی حکومت و جریان های سیاسی بوده است. در چنین شرایطی بیش از هر چیز دیگری به دانشگاه های غیر سیاسی نیاز است تا بتوان رهبران جوان اقتصادی، فرهنگی، ادبی، علمی و هنری را تربیت نمود.
فعالیت های سیاسی باید خارج از محدوده دانشگاه ها صورت بگیرد. محیط دانشگاه ها نباید به محلی برای رقابت های سیاسی قومی تبدیل گردد. هیچ نگرانی و محدودیتی برای فعالیت های سیاسی احزاب در جامعه وجود ندارد. در حال حاضر حدود صد حزب سیاسی در وزارت عدلیه به ثبت رسیده است. اما به مشکل می توان یک حزب سیاسی ملی در میان آنها پیدا کرد. نگرانی از همینجا ناشی می شود که مبادا با آزادی فعالیت سیاسی در دانشگاه ها، پای این احزاب سیاسی به دانشگاه ها کشیده شود که نتیجۀ آن جز هرج و مرج سیاسی چیز دیگری نخواهد بود.
دهۀ چهل و پنجاه خورشیدی با آزادی فعالیت های سیاسی احزاب در دانشگاه کابل بود که باعث هرج و مرج در این محیط علمی شد و مشکلات سه دهه اخیر و امروز کشور نیز ریشه در همان هرج و مرج دیروز این دانشگاه دارد. ضرورت تفکیک علم از سیاست در محیط دانشگاه ها از همینجا احساس می شود. با توجه به اهمیت موضوع، ممنوعیت فعالیت سیاسی در دانشگاه های افغانستان، می تواند به عنوان یک اصل دانشگاهی به اجرا در آید.
مشکل توسعه سیاسی افغانستان با وارد شدن احزاب سیاسی در دانشگاه های کشور حل نمی شود. توسعه سیاسی زمانی محقق خواهد شد که احزاب سیاسی توانا و نیرومندی در جامعه شکل بگیرد. هانتینگتون گفته است: «استواری یک نظام سیاسی دستخوش نو سازی، به توانایی احزاب سیاسی آن بستگی دارد؛ و یک حزب نیز به نوبۀ خود، در صورتی توانا است که از پشتیبانی نهادمند توده ها برخوردار باشد. توانایی حزب، منعکس کنندۀ پهنۀ پشتیبانی توده ای و سطح نهادمندی آن است. آن کشورهای دستخوش نوسازی که به سطوح بالایی از استدلال سیاسی باالفعل دست یافته اند، دست کم، یک حزب سیاسی نیرومند داشته اند. حزب کنگره  در هند، دستور جدید در تونس، در ونزوئلا حزب عمل دموکراتیک، حزب نهادهای انقلابی در مکزیک، ماپای در اسراییل، حزب دموکراتیک مردمی و حزب جمهوری خواه مردمی در ترکیه و تانو در تانگانیکا، هر یک زمانی، الگوی سازماندهی کار آمد سیاسی در یک جامعۀ دستخوش نوسازی بوده اند.»
در افغانستان فرایند بن به عنوان یک جامعه دستخوش نوسازی، شاهد رشد کمی احزاب سیاسی در هفت سال این فرایند بوده ایم، اما این احزاب، همیشه از نگاه کیفی ضعف داشته و نتوانسته اند، کمکی زیادی در روند توسعه کشور نمایند. حتا در زمینه نوسازی سیاسی نیز با تمام کمیت احزاب سیاسی در سالهای اخیر که واقعاً بی سابقه بوده است، شاهد دستاوردی در جامعه نبوده ایم. در حالی که با یک جامعه ای کاملاً سیاسی و بیشتر سیاستزده رو به رو بوده ایم.
حالا بحث بر سر این است که محیط دانشگاه ها نیز همانند جامعه، سیاسی و سیاستزده شوند؟ سیاست به عنوان یک مقوله و یک رشته دانشگاهی، چه ارجحیت و برتریی نسبت به دیگر مقوله ها در جامعه و رشته های تحصیلی دانشگاه ها دارد؟ این یک طرز تفکر کاملاً غلط است که محیط دانشگاه ها را نیز همانند جامعه، سیاسی و ساستزده نماییم تا به آزادی سیاسی و توسعه و نوسازی سیاسی دست یابیم.
برای فعالیت های سیاسی همیشه وقت است. اما برای فراگیری علم و دانش روز، همیشه فرصت نیست. بگذارید دانشجویان دانشگاه ها بدون وارد شدن در فعالیت های سیاسی این و آن حزب قومی، دوره تحصیلی دانشگاه را فارغ از درگیری های تنش زای سیاست های قومی و ستمی با موفقیت به پایان برسانند. بدون شک، دانشجویان با این ویژگی، بیشتر و بهتر، الگوهای سازماندهی کارآمد سیاسی، علمی، اقتصادی و فرهنگی برای جامعه دستخوش نو سازی مانند افغانستان خواهند شد.